V průběhu mše k rozjímání a duševní pohodě hrála na klášterní varhany členka spolku Hudebníků od svatojakubského kůru Ivana Odvodyová, která se v hraní při bohoslužbách střídá se svojí sestrou Silvií Strachotovou.

"Historie kladrubských varhan je opředena mnoha tajemstvími a dohady. Výrobu tohoto jedinečného barokního nástroje výrazně ovlivnil architekt a stavitel Jan Blažej Santini Aichel, podle jehož projektu byl klášterní kostel v letech 1712 až 1726 přestavován do současné, barokně gotické, podoby. Podobně jako kostel samotný i varhanní skříň je vyhotovena ve stylu kombinujícím barokní a gotické prvky. Autorství její podoby se přiznává Santinimu," uvádí varhanice a zároveň pracovnice kláštera Silvie Strachotová.

Kladrubské klášterní varhany jsou unikátním nástrojem.

Vzácný nástroj je vyroben z dubového dřeva, přičemž hrací stůl stojí v Kladrubech samostatně, mimo varhanní skříň. Odborníci se domnívají, že jde o první varhany se samostatným hracím stolem v českých zemích. Okolo hracího stolu jsou netradičně vysoko rozmístěné píšťaly. Mají kolem sebe dostatek prostoru k ideálnímu vyznění po celém kostele. Pro dostatečné zásobování píšťal vzduchem byla vybudována důmyslná soustava rozvodů a konduktů. Důmyslný je i systém mechanického ovládání hracího a rejstříkového systému.

Nástroj se pod rukama varhaníků a varhanic rozeznívá několikrát do roka. Mimo mší ho mohou návštěvníci slyšet například při Noci kostelů, v průběhu oblíbených oživených prohlídek kláštera a také v rámci hudebního festivalu Kladrubské léto.